Il sito appare diversificato ed offre ambienti ecologici variegati che consentono l’espressione di una biodiversità molto significativa. Oltre al biotopo acquatico, possiamo distinguere l’ambiente delle pareti, della valle, dei pianori e delle grotte. Nelle acque cristalline del fiume, grazie alla natura torrentizia, trovano un’abitazione ideale la trota siciliana e la trota fario, mentre sul fondale si aggira la tinca. È possibile trovare anche le anguille e i granchi di fiume.

L'Anapo - il cui nome, di origine greca, significa "invisibile" - nasce nel territorio di Palazzolo Acreide alle sorgenti di Guffari sul Monte Lauro, e scorre inizialmente in una vallata intensamente erosa, che si allarga e si restringe. All'altezza dell'abitato di Palazzolo, la valle dell'Anapo incomincia adassumere la caratteristica conformazione a canyon, incassandosi fra strati di rocce dure in cui ha inciso tortuosi meandri dalle ripide e strette pareti, noti come gole di Pantalica. E' in questo tratto, dopo il ponte di Cassano-Ferla e i meandri di contrada Giambra, nel comune di Sortino, che si trova la necropoli di Pantalica, una delle più estese del Mediterraneo con il suo alveare di migliaia di tombe distribuite lungo la parete rocciosa, usata dalla preistoria all'epoca paleocristiana.

Dal punto di vista naturalistico, predomina una vegetazione a macchia arbustiva; nel fondovalle, a tratti boscoso, si incontrano i caratteristici platani orientali, pioppi neri e bianchi, salici, e un ricco e odoroso sottobosco; i versanti meno ripidi sono colonizzati, fra ampi querceti, dai lecci. Negli ambienti più aperti, spettacolare è il tripudio delle fioriture primaverili, con iris, crochi, asfodeli e numerose specie di orchidee selvatiche.

La zona è popolata da mammiferi (volpi, conigli, donnole, martore, istrici), uccelli (falco pellegrino, poiana, aquila del Bonelli, nibbio reale, codibugnolo, merlo acquaiolo), rettili, tra cui spicca il colubro leopardino, e insetti, tra cui si segnala la libellula nera. Una serie di sentieri consente di risalire la vallata, chiusa alle auto, fino a raggiungere l'area archeologica di Pantalica. L'insediamento di Pantalica si è sviluppato sullo sperone alla confluenza tra la valle del torrente Cava Grande e la Valle dell'Anapo; lo sperone è collegato al retrostante altopiano solo mediante uno stretto istmo, la Sella di Filipporto, o "Porta di Pantalica". Il dosso incombe con altissime balze a strapiombo sul letto dei due corsi d'acqua, incuneati in strette gole. La vasta scenografia delle cinque distinte necropoli, testimonianze della città protostorica, è scandita da migliaia di tombe a grotticella ricavate nelle pareti rocciose. Le più antiche (la necropoli nord-ovest e la vasta necropili nord) risalgono ai secoli XII-XI a.C., mentre le più recenti (i gruppi laterali di Filipporto e della Cavetta) sono databili ai secoli fra il IX e l'VIII a.C.. Dell'antico abitato sono visibili i resti megalitici del palazzo reale, o Anaktoron (VIII secolo a.C.), nel punto centrale del pianoro da cui si dominava la valle, e le fortificazioni della Porta di Pantalica.